Es la principal instancia decisoria de la Unión. También fue creado por los Tratados constitutivos de los años cincuenta, como lo fue el Parlamento. Representa a los Estados miembros y asiste un Ministro de cada uno de los Gobiernos nacionales de la Unión Europea a cada reunión que se celebra.
 
Los Ministros cambian en función de la orden del día según sus áreas específicas. En total hay nueve formaciones distintas del Consejo de la Unión Europea:
 

• Asuntos Generales y Relaciones Exteriores
• Asuntos Económicos y financieros (Ecofin)
• Justicia y Asuntos del Interior
• Empleo, Política Social, Salud y Consumidores
• Competitividad
• Transporte, Telecomunicaciones y Energía
• Agricultura y Pesca
• Medio Ambiente
• Educación, Juventud y Cultura

 
Cada Ministro participante es responsable con su firma de todo el Gobierno y también ante su Parlamento nacional y los ciudadanos. Así es como se garantiza la legitimidad democrática de las decisiones del Consejo.
 
Se realizan Cumbres anuales en el Consejo Europeo –hasta cuatro- de las que participan los Presidentes o los Primeros Ministros de los Estados miembros y también el Presidente de la Comisión Europea. En ellas se establece la política global de la Unión y se resuelven cuestiones que no pueden solventarse en un nivel más bajo. Dada la importancia de estos debates, se encuentran en el centro de las agendas de comunicaciones durante su transcurso.
 
Responsabilidades del Consejo:
 

• Aprobar las leyes europeas, en muchos casos en común con el Parlamento Europeo. Por regla general, el Consejo sólo actúa a propuesta de la Comisión y es ella la que tiene la responsabilidad de garantizar que la legislación se aplique correctamente una vez que fue adoptada.

• Coordinar las políticas económicas generales de los Estados miembros. Estas políticas, por decisión de los países de la Unión, se basan en una estrecha coordinación con las políticas económicas nacionales. Esta coordinación está a cargo de los Ministros de Economía y Hacienda que integran el Consejo de Asuntos Económicos y Financieros, conocido como Ecofin. Además, a través del método abierto de coordinación que tiene lugar en el Consejo, puede acordar objetivos comunes y aprender de las buenas prácticas de otros, aunque en temas de educación, salud, puestos de trabajo y protección social cada Estado miembro es responsable de su propia política interna.

• Concluir acuerdos internacionales entre la Unión Europea y otros países u organizaciones internacionales. Estos pueden cubrir áreas como el comercio, la cooperación y desarrollo o temas específicos como textiles, pesca, ciencia y tecnología, transporte. También puede concluir convenios entre los Estados miembros en temas de fiscalidad, derecho de sociedades o protección consular, lo mismo que convenios de cooperación sobre libertad, seguridad y justicia

• Aprobar el presupuesto de la Unión Europea. Esto lo realiza en conjunto con el Parlamento.

• Desarrollar la política exterior y de seguridad común de la Unión Europea, basándose en las directrices decididas por el Consejo Europeo. Pero la política exterior, la seguridad y la defensa son materias en las que cada Gobierno nacional sigue manteniendo un control independiente. El papel que el Parlamento y la Comisión desempeñan en este aspecto es limitado y aún hay mucho para trabajar, por lo que el Consejo es el principal foro de cooperación intergubernamental. Ante las crisis internacionales la Unión Europea ha creado una “fuerza de reacción rápida” cuyo papel se limita a realizar tareas humanitarias, de rescate, mantenimiento de la paz. Sus integrantes siguen perteneciendo a las fuerzas armadas de su respectivo país.

• Coordinar la cooperación entre los tribunales nacionales y la policía en temas de libertad, seguridad y justicia. Los tribunales nacionales deben trabajar en conjunto para garantizar que las sentencias de un país se respeten y reconozcan en otro. La libre circulación de la Unión Europea también necesita de la cooperación transfronteriza entre los tribunales nacionales, las fuerzas de policía, los agentes de aduana y los servicios de inmigración de todos los países miembro.

 
Organización del trabajo
 
Comité de Representantes Permanentes (Coreper): En él se reúnen semanalmente los representantes permanentes para preparar el trabajo del Consejo. Sus miembros se encuentran en Bruselas y pertenecen a cada Estado miembro, defendiendo el interés nacional en el seno de la Unión.
Presidencia: Semestralmente, cada país miembro preside todas las reuniones y se hace cargo de la agenda del Consejo, promoviendo las decisiones legislativas y políticas y mediando para conseguir acuerdos entre los Estados.
Secretaría General: Es la encargada de preparar y garantizar el buen funcionamiento de la institución en todos los niveles. El Secretario General está asistido por el Secretario General Adjunto, persona responsable de la gestión de la Secretaría General.
 
Las decisiones se toman por votación. En algunos temas particularmente sensibles (PESC, fiscalidad, asilo, inmigración) las decisiones del Consejo tienen que ser unánimes. Pero sin embargo, en la mayoría de las cuestiones el Consejo decide por mayoría cualificada (mayoría de Estados miembros que lo aprueben ó un mínimo de 232 votos: 72,3 % del total y siempre se puede confirmar que sea una cifra mayor al 62 % de la población total, que es el mínimo exigido).